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San Francisco. Nicolas et Pernelle Flamel doivent sauver la ville des griffes des monstres échappés de l'île d'Alcatraz. Mais même avec le secours des deux plus grands guerriers de l'histoire, la sorcière et le légendaire alchimiste pourront-ils défendre la ville ? Ou serait-ce le début de la fin de la race humaine ?

A Alcatraz, Machiavel et Billy the Kid suivent le plan des anciens : ils vont lâcher les monstres d'Alcatraz sur la ville de San Francisco, ce qui devrait éradiquer la race humaine. A San Francisco, la fin est proche, Josh et Sophie, les jumeaux de la prophétie, ont été séparés.

Les jumeaux viennent d'arriver à San Francisco où ils pensent enfin se reposer lorsque Sophie est enlevée par Aifé des Ombres, la jumelle de Scathach. Josh retourne à la librairie dévastée demander l'aide de Nicolas et Pernelle. Pendant ce temps, Dee, renié par les Ténébreux, est sauvé par son amie Virginia Dare. Il commence à rêver de rallier Josh à sa cause pour l'entraîner à la nécromancie.